Uno degli argomenti più importanti del PDE da comprendere è quello delle istanze del workbench host e runtime.
Una volta avviato, il workbench viene utilizzato per operare sui progetti che definiscono i plugin in fase di creazione. L'istanza del workbench in esecuzione durante lo sviluppo del plugin mediante il PDE e altri strumenti è l'istanza host. Le funzioni disponibili in questa istanza provengono esclusivamente dai plugin installati con l'applicazione.
Una volta installati i plugin, per poterli verificare è possibile avviare un'altra istanza del workbench, l 'istanza runtime. Questa istanza conterrà gli stessi plugin dell'istanza host, ma avrà anche i plugin su cui l'utente lavorava nell'istanza host. L'utilità di avvio del PDE provvederà a unire i propri plugin con i plugin dell'host e a creare l'istanza runtime.
La Piattaforma di destinazione fa riferimento al prodotto Eclipse per il quale i plugin sviluppati verranno compilati e verificati. La Piattaforma di destinazione deve essere quindi la stessa piattaforma in cui si è pianificato di distribuire i plugin.
Il percorso della piattaforma di destinazione è impostata sulla pagina delle preferenze Sviluppo plugin > Piattaforma di destinazione. Per impostazione predefinita, la piattaforma di destinazione è la stessa piattaforma utilizzata per lo sviluppo, ma non è necessario che lo sia. È possibile impostare la piattaforma di destinazione su qualsiasi prodotto basato su Eclipse. Ad esempio, se si desidera trarre vantaggio dalle recenti e avanzate funzioni di Eclipse 3.0 per sviluppare i plugin che verranno distribuiti in un prodotto basato su una versione 2.x di Eclipse, è possibile utilizzare Eclipse 3.0 come piattaforma di sviluppo e un prodotto basato sulla versione 2.x come piattaforma di destinazione.
Tutti i plugin trovati nel percorso della piattaforma di destinazione specificato dall'utente sono elencati nella pagina delle preferenze. Tuttavia, solo i plugin verificati rappresentano la piattaforma di destinazione, il resto viene ignorato dal PDE. Per impostazione predefinita, tutti i plugin vengono verificati.
Durante lo sviluppo dei plugin Eclipse, l'insieme dei plugin che verranno utilizzati per eseguire il workbench di runtime derivano da due posizioni differenti: lo spazio di lavoro dell'istanza host e la piattaforma di destinazione. Sebbene tutti i plugin siano uguali, a prescindere dalla loro provenienza, esistono alcune differenze che risultano evidenti agli utenti.