JRE 定義の削除
ワークベンチの Java プロジェクトの実行に使用することのできる Java ランタイム環境の定義は、削除することができます。
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メインメニュー・バーで「ウィンドウ」>「設定」を選択します。
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左側のペインで「Java」カテゴリーを展開し、「インストール済みの JRE」を選択します。
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削除したい定義を選択し、「除去」をクリックします。
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ワークベンチのデフォルトの JRE として使用する定義に対応するボックスにチェック・マークを付けます。
Java 開発ツール (JDT)

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新規 JRE 定義の追加
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「インストール済みの JRE」設定ページ