Когда создается проект модуля, файл манифеста открывается в редакторе манифеста модуля.
Этот многостраничный редактор является центральным средством управления модулем и может быть использован для правки всех файлов модуля (manifest.mf, plugin.xml и build.properties).
Вы работаете с интерфейсом форм редактора, а PDE берет на себя задачу записи изменений в требуемые файлы.
Лучший способ познакомиться с редактором манифеста модуля - открыть каждую из его страниц.