Běhový modul Eclipse definuje moduly plug-in (org.eclipse.osgi a org.eclipse.core.runtime), na nichž závisí všechny ostatní moduly plug-in. Běhový modul zodpovídá za definování struktury pro moduly plug-in a podrobnosti implementace (balíky a zaváděče tříd) v jejich pozadí. Běhový modul také zodpovídá za nalezení a spuštění hlavní aplikace Eclipse a za údržbu registru modulů plug-in, jejich rozšíření a bodů rozšíření.
Běhový modul také poskytuje škálu obslužných programů, jako jsou protokolování, volby trasování ladění, adaptéry, paměť předvolby a infrastruktura souběžnosti. Samozřejmě jako minimální jádro je běhový modul zajímavý pouze po vytvoření modulů plug-in, které jej využívají a provádějí určitý druh úloh. Běhový modul podobně jako bájný Atlas klidně podpírá celou hromadu modulů plug-in a drží tak svět Eclipse na svých silných ramenou.