org.biojava.bio.seq.io.agave
Interface AGAVEAnnotFilter

All Known Implementing Classes:
SimpleAnnotFilter

public interface AGAVEAnnotFilter

This interface defines mapping from BioJava into AGAVE format. As data from different sources is stored differently in BioJava it is impossible to define universal mapping from BioJava to Agave. Currently I implemented two mappings:

( embl -> )biojava -> agave

( agave -> )biojava -> agave

Author:
Hanning Ni Doubletwist Inc

Field Summary
static int BOTH_FORWARD_COMPLEMENT
           
static int COMPLEMENT
           
static int FORWARD
           
 
Method Summary
 java.lang.String getAccession(Annotation annot)
           
 java.lang.String getAlignLength(Annotation annot)
           
 java.lang.String getAlignUnits(Annotation annot)
           
 AGAVEDbId[] getAltIds(Annotation annot)
           
 java.lang.String getChromNum(Annotation annot)
           
 java.lang.String getChromosome(Annotation annot)
           
 java.lang.String getClassifyId(Annotation annot)
           
 java.lang.String getClassifySystem(Annotation annot)
           
 java.lang.String getClassifyType(Annotation annot)
           
 java.lang.String getCloneId(Annotation annot)
           
 java.lang.String getCloneLibrary(Annotation annot)
           
 java.lang.String getConfidence(Annotation annot)
           
 java.lang.String getCreateDate(Annotation annot)
           
 AGAVEDbId getDbId(Annotation annot)
           
 java.lang.String getDescription(Annotation annot)
           
 java.lang.String getEcNumber(Annotation annot)
           
 java.lang.String getElementId(Annotation annot)
           
 java.lang.String[] getElementIds(Annotation annot)
           
 java.lang.String[] getExonIds(Annotation annot)
           
 java.lang.String getFeatureType(Annotation annot)
           
 java.lang.String getGroupOrder(Annotation annot)
           
 AGAVEIdAlias[] getIdAlias(Annotation annot)
           
 java.lang.String getKeyword(Annotation annot)
           
 java.lang.String getLabel(Annotation annot)
           
 AGAVEMapLocation[] getMapLocation(Annotation annot)
           
 java.lang.String getMapPosition(Annotation annot)
           
 java.lang.String getMatchAlign(Annotation annot)
           
 java.lang.String getMatchDesc(Annotation annot)
           
 AGAVEMatchRegion getMatchRegion(Annotation annot)
           
 java.lang.String getMolType(Annotation annot)
           
 java.lang.String getNote(Annotation annot)
           
 java.lang.String getOrganism(Annotation annot)
           
 java.lang.String getOS(Annotation annot)
           
 AGAVEProperty[] getProperty(Annotation annot, java.lang.String type)
           
 AGAVEQueryRegion getQueryRegion(Annotation annot)
           
 AGAVERelatedAnnot[] getRelatedAnnot(Annotation annot)
           
 java.lang.String getResultType(Annotation annot)
           
 java.lang.String getSequenceId(Annotation annot)
           
 java.lang.String getTaxonId(Annotation annot)
           
 java.lang.String getUpdateDate(Annotation annot)
           
 java.lang.String getVersion(Annotation annot)
           
 AGAVEXrefs[] getXrefs(Annotation annot)
           
 

Field Detail

FORWARD

public static final int FORWARD
See Also:
Constant Field Values

COMPLEMENT

public static final int COMPLEMENT
See Also:
Constant Field Values

BOTH_FORWARD_COMPLEMENT

public static final int BOTH_FORWARD_COMPLEMENT
See Also:
Constant Field Values
Method Detail

getAccession

public java.lang.String getAccession(Annotation annot)

getLabel

public java.lang.String getLabel(Annotation annot)

getElementId

public java.lang.String getElementId(Annotation annot)

getSequenceId

public java.lang.String getSequenceId(Annotation annot)

getKeyword

public java.lang.String getKeyword(Annotation annot)

getOrganism

public java.lang.String getOrganism(Annotation annot)

getDescription

public java.lang.String getDescription(Annotation annot)

getNote

public java.lang.String getNote(Annotation annot)

getVersion

public java.lang.String getVersion(Annotation annot)

getOS

public java.lang.String getOS(Annotation annot)

getMolType

public java.lang.String getMolType(Annotation annot)

getTaxonId

public java.lang.String getTaxonId(Annotation annot)

getCloneId

public java.lang.String getCloneId(Annotation annot)

getCloneLibrary

public java.lang.String getCloneLibrary(Annotation annot)

getChromosome

public java.lang.String getChromosome(Annotation annot)

getMapPosition

public java.lang.String getMapPosition(Annotation annot)

getEcNumber

public java.lang.String getEcNumber(Annotation annot)

getCreateDate

public java.lang.String getCreateDate(Annotation annot)

getUpdateDate

public java.lang.String getUpdateDate(Annotation annot)

getAltIds

public AGAVEDbId[] getAltIds(Annotation annot)

getXrefs

public AGAVEXrefs[] getXrefs(Annotation annot)

getMapLocation

public AGAVEMapLocation[] getMapLocation(Annotation annot)

getRelatedAnnot

public AGAVERelatedAnnot[] getRelatedAnnot(Annotation annot)

getElementIds

public java.lang.String[] getElementIds(Annotation annot)

getExonIds

public java.lang.String[] getExonIds(Annotation annot)

getChromNum

public java.lang.String getChromNum(Annotation annot)

getProperty

public AGAVEProperty[] getProperty(Annotation annot,
                                   java.lang.String type)

getDbId

public AGAVEDbId getDbId(Annotation annot)

getGroupOrder

public java.lang.String getGroupOrder(Annotation annot)

getFeatureType

public java.lang.String getFeatureType(Annotation annot)

getResultType

public java.lang.String getResultType(Annotation annot)

getConfidence

public java.lang.String getConfidence(Annotation annot)

getAlignLength

public java.lang.String getAlignLength(Annotation annot)

getAlignUnits

public java.lang.String getAlignUnits(Annotation annot)

getMatchDesc

public java.lang.String getMatchDesc(Annotation annot)

getMatchAlign

public java.lang.String getMatchAlign(Annotation annot)

getQueryRegion

public AGAVEQueryRegion getQueryRegion(Annotation annot)

getMatchRegion

public AGAVEMatchRegion getMatchRegion(Annotation annot)

getIdAlias

public AGAVEIdAlias[] getIdAlias(Annotation annot)

getClassifySystem

public java.lang.String getClassifySystem(Annotation annot)

getClassifyId

public java.lang.String getClassifyId(Annotation annot)

getClassifyType

public java.lang.String getClassifyType(Annotation annot)