org.biojava.bio.seq.io.agave
Interface AGAVEAnnotFilter

All Known Implementing Classes:
Agave2AgaveAnnotFilter, Embl2AgaveAnnotFilter, SimpleAnnotFilter

public interface AGAVEAnnotFilter

This interface defines mapping from BioJava into AGAVE format. As data from different sources is stored differently in BioJava it is impossible to define universal mapping from BioJava to Agave. Currently I implemented two mappings:

( embl -> )biojava -> agave

( agave -> )biojava -> agave

Author:
Hanning Ni Doubletwist Inc

Field Summary
static int BOTH_FORWARD_COMPLEMENT
           
static int COMPLEMENT
           
static int FORWARD
           
 
Method Summary
 java.lang.String getAccession(Annotation annot)
           
 java.lang.String getAlignLength(Annotation annot)
           
 java.lang.String getAlignUnits(Annotation annot)
           
 AGAVEDbId[] getAltIds(Annotation annot)
           
 java.lang.String getChromNum(Annotation annot)
           
 java.lang.String getChromosome(Annotation annot)
           
 java.lang.String getClassifyId(Annotation annot)
           
 java.lang.String getClassifySystem(Annotation annot)
           
 java.lang.String getClassifyType(Annotation annot)
           
 java.lang.String getCloneId(Annotation annot)
           
 java.lang.String getCloneLibrary(Annotation annot)
           
 java.lang.String getConfidence(Annotation annot)
           
 java.lang.String getCreateDate(Annotation annot)
           
 AGAVEDbId getDbId(Annotation annot)
           
 java.lang.String getDescription(Annotation annot)
           
 java.lang.String getEcNumber(Annotation annot)
           
 java.lang.String getElementId(Annotation annot)
           
 java.lang.String[] getElementIds(Annotation annot)
           
 java.lang.String[] getExonIds(Annotation annot)
           
 java.lang.String getFeatureType(Annotation annot)
           
 java.lang.String getGroupOrder(Annotation annot)
           
 AGAVEIdAlias[] getIdAlias(Annotation annot)
           
 java.lang.String getKeyword(Annotation annot)
           
 java.lang.String getLabel(Annotation annot)
           
 AGAVEMapLocation[] getMapLocation(Annotation annot)
           
 java.lang.String getMapPosition(Annotation annot)
           
 java.lang.String getMatchAlign(Annotation annot)
           
 java.lang.String getMatchDesc(Annotation annot)
           
 AGAVEMatchRegion getMatchRegion(Annotation annot)
           
 java.lang.String getMolType(Annotation annot)
           
 java.lang.String getNote(Annotation annot)
           
 java.lang.String getOrganism(Annotation annot)
           
 java.lang.String getOS(Annotation annot)
           
 AGAVEProperty[] getProperty(Annotation annot, java.lang.String type)
           
 AGAVEQueryRegion getQueryRegion(Annotation annot)
           
 AGAVERelatedAnnot[] getRelatedAnnot(Annotation annot)
           
 java.lang.String getResultType(Annotation annot)
           
 java.lang.String getSequenceId(Annotation annot)
           
 java.lang.String getTaxonId(Annotation annot)
           
 java.lang.String getUpdateDate(Annotation annot)
           
 java.lang.String getVersion(Annotation annot)
           
 AGAVEXrefs[] getXrefs(Annotation annot)
           
 

Field Detail

FORWARD

static final int FORWARD
See Also:
Constant Field Values

COMPLEMENT

static final int COMPLEMENT
See Also:
Constant Field Values

BOTH_FORWARD_COMPLEMENT

static final int BOTH_FORWARD_COMPLEMENT
See Also:
Constant Field Values
Method Detail

getAccession

java.lang.String getAccession(Annotation annot)

getLabel

java.lang.String getLabel(Annotation annot)

getElementId

java.lang.String getElementId(Annotation annot)

getSequenceId

java.lang.String getSequenceId(Annotation annot)

getKeyword

java.lang.String getKeyword(Annotation annot)

getOrganism

java.lang.String getOrganism(Annotation annot)

getDescription

java.lang.String getDescription(Annotation annot)

getNote

java.lang.String getNote(Annotation annot)

getVersion

java.lang.String getVersion(Annotation annot)

getOS

java.lang.String getOS(Annotation annot)

getMolType

java.lang.String getMolType(Annotation annot)

getTaxonId

java.lang.String getTaxonId(Annotation annot)

getCloneId

java.lang.String getCloneId(Annotation annot)

getCloneLibrary

java.lang.String getCloneLibrary(Annotation annot)

getChromosome

java.lang.String getChromosome(Annotation annot)

getMapPosition

java.lang.String getMapPosition(Annotation annot)

getEcNumber

java.lang.String getEcNumber(Annotation annot)

getCreateDate

java.lang.String getCreateDate(Annotation annot)

getUpdateDate

java.lang.String getUpdateDate(Annotation annot)

getAltIds

AGAVEDbId[] getAltIds(Annotation annot)

getXrefs

AGAVEXrefs[] getXrefs(Annotation annot)

getMapLocation

AGAVEMapLocation[] getMapLocation(Annotation annot)

getRelatedAnnot

AGAVERelatedAnnot[] getRelatedAnnot(Annotation annot)

getElementIds

java.lang.String[] getElementIds(Annotation annot)

getExonIds

java.lang.String[] getExonIds(Annotation annot)

getChromNum

java.lang.String getChromNum(Annotation annot)

getProperty

AGAVEProperty[] getProperty(Annotation annot,
                            java.lang.String type)

getDbId

AGAVEDbId getDbId(Annotation annot)

getGroupOrder

java.lang.String getGroupOrder(Annotation annot)

getFeatureType

java.lang.String getFeatureType(Annotation annot)

getResultType

java.lang.String getResultType(Annotation annot)

getConfidence

java.lang.String getConfidence(Annotation annot)

getAlignLength

java.lang.String getAlignLength(Annotation annot)

getAlignUnits

java.lang.String getAlignUnits(Annotation annot)

getMatchDesc

java.lang.String getMatchDesc(Annotation annot)

getMatchAlign

java.lang.String getMatchAlign(Annotation annot)

getQueryRegion

AGAVEQueryRegion getQueryRegion(Annotation annot)

getMatchRegion

AGAVEMatchRegion getMatchRegion(Annotation annot)

getIdAlias

AGAVEIdAlias[] getIdAlias(Annotation annot)

getClassifySystem

java.lang.String getClassifySystem(Annotation annot)

getClassifyId

java.lang.String getClassifyId(Annotation annot)

getClassifyType

java.lang.String getClassifyType(Annotation annot)